醫藥實驗室設計時應注意布局應符合生產工藝流程時應按照空氣潔凈度要求，并應根據工藝設備安裝和維修，氣流流型和凈化空調等各種技術措施的要求綜合規定，布局應時防止人流和物流之間交叉污染。
醫藥實驗室設計應分別從設置人員以及藥物進出生產區域的出入口來考慮，在對生產過程中易造成污染的貨物應該設置專門的出入口，還應分別設置專用人員管理負責物料進入醫藥潔凈室前的凈化。
實驗室設計在滿足生產工藝和噪聲級要求的前提下，空氣潔凈度等級高的醫藥潔凈室應該靠近空氣調節機房布置。在不同空氣潔凈度等級醫藥潔凈室之間的人員出入和物資傳遞，應有防止污染措施。青霉素類等藥物等藥品的生產廠房應該單獨放置。
醫藥實驗室設計中要求實驗臺必須具有水、電等設施齊全，通常設有的電源為220V的二孔和三孔插座各二個以上，實驗室附屬用房中還需要具備該實驗室的模型室樣品室、維修室、掛圖室以及實驗員辦公室可同時設在儀器室或準備室內。
值得注意的是，實驗室設計時，實驗員的辦公室是萬萬不得設在化學實驗室內。以避免化學藥物泄漏時會對實驗人員人生安全造成危害潔凈廠房內人員凈化用室和生活用室的面積，應根據不同空氣潔凈度等級和工作人員數量來確定。
